Управление образовательной организацией строится на принципах единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом образовательной организации является руководитель – директор. Управление школой носит государственно-общественный, демократический характер и осуществляется через коллегиальные органы управления образовательной организацией. Структурных подразделений МБОУ СОШ №6 не имеет.